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自闰六月初嘉定人民自发起义抗清，两个月内，大小战斗十余次，民众牺牲两万余，史称“嘉定三屠”。三次屠杀，死者无数，繁华都市，化为废墟。
还有一个反抗特别激烈的地方就是徽州，当地富商纷纷捐金正银，给起义军凭借着山西险要，让清军是东奔西跑应接不暇。江西各地也纷纷造反投靠朱明政权，拥立朱明王朝的后裔，清军没想到一个削发令能让江南地区人们反抗的如此激烈，于是急忙派遣招抚大臣洪承畴内部大学士兵部尚书兼都察院右副都御史，总督江南七省军务，抵达江南。
洪承畴到了江宁之后开始部署军队，针对江南防御体系的弱点进行了针对性的布防，前后数次挡住了大顺政权和南明政权的进攻。消耗了敌人的有生力量。