俞大猷被下狱并再次被剥夺世袭权利。
嘉靖三十八年（1558 年），俞大猷被好友救出牢狱后发配到大同。大同巡抚李文进欣赏他的才华，他独创以独轮车对抗骑兵的战术，并在安银堡大破蒙古。此后这种战术被推广，设立兵车营。
嘉靖四十年（1561 年），广东饶平张琏起事，俞大猷被派往南赣征讨。他采用奇袭战术，击败张琏并擒获其首领，还设计诱敌大破敌军。战后他解散叛军余党，不滥杀一人，因功晋升为副总兵，之后继续征讨叛军，屡获战功。万历七年（1579 年），俞大猷上疏告老还乡后病逝于家中，追赠为左都督，谥号为“武襄”。
俞大猷一生着作丰硕，着有《正气堂集》《剑经》《洗海近事》《续武经总要》《韬钤续篇》等作品。《明史》评价他用兵先计后战，不贪近功，忠诚为国。他与戚继光齐名，并称“俞龙戚虎”，为明朝抗击倭寇、保卫国家做出了重要贡献。