刘裕冷静地分析道：“如今局势已然大变，人心所向皆是桓玄。此时贸然起兵，只怕胜算渺茫啊！”面对刘裕的直言相劝，刘牢之却不以为然，执意要孤注一掷。
与此同时，何无忌也前来询问刘裕关于自身前途的问题。只见刘裕略作沉思，然后缓缓说道：“依我之见，刘牢之此番行动必败无疑。你不妨跟随我一同返回京口，暂且观望形势发展。倘若桓玄能够恪守晋臣之节，我们便可辅佐于他；但若他心怀不轨，妄图篡权夺位，那时我便与你携手共讨逆贼。”
何无忌闻听此言，觉得甚有道理，当即听从了刘裕的建议，与他一同踏上了返回京口之路。而另一边，刘牢之由于未能获得其他幕僚的有力支持，最终兵败如山倒，走投无路之际，只得含恨自尽。至此，这位曾经风光无限的大将，就这样黯然落幕，令人不禁唏嘘长叹。
兴举义兵
自桓玄得势之后，他便开始居功自傲，不仅身居高位，独揽大权，还大肆任用桓氏家族的子弟担任朝廷内外的重要职务。更为过分的是，他毫不留情地诛杀了一大批曾经效命于北府军的老将们，其司马昭之心路人皆知——显然有着篡夺皇位的野心。
时间来到元兴二年（公元 403 年），刘裕奉桓玄之命前去征伐发动叛乱的卢循。经过一番激烈的鏖战，刘裕最终成功地击溃了卢循的叛军。然而，就在此时，何无忌悄悄地前来拜见刘裕，并极力劝说他立即在山阴县起兵，直接对桓玄展开讨伐行动。但刘裕却有着自己的深思熟虑，他认为应当静待桓玄正式篡位之时，再选择在建康附近的京口起兵，如此一来胜算更大。因此，尽管何无忌苦口婆心地劝诫，刘裕还是并未采纳他的这一建议。
同年十二月，桓玄终于按捺不住内心的欲望，公然篡位称帝，改国号为楚，彻底打破了东晋王朝原有的政治格局。
元兴三年（公元 404 年），刘裕和何无忌一同返回京口。在这里，他们秘密商议着如何讨伐桓玄，以恢复晋朝的统治秩序。经过反复的谋划和权衡，刘裕决定联合刘毅、王懿、孟昶以及檀凭之等志同道合之人共同起兵。
终于，在二月乙卯日这一天，刘裕率领众将士正式举起了义旗。他们士气高昂，锐不可当，仅仅只用了一天的时间，就顺利地攻占了京口和广陵这两座军事要镇，牢牢掌控住了局势的主动权。这场起义如同一把熊熊燃烧的烈火，迅速蔓延开来，点燃了人们反抗桓玄暴政的希望之光。当时，何无忌极力向刘裕推荐了刘穆之，认为他具备出色的才能，可以担任刘裕的主簿一职。刘裕欣然采纳了这一建议。此后不久，刘裕率领军队势如破竹地攻陷了建康城。桓玄见大势已去，只得仓皇出逃至江陵。刘裕趁胜追击，迅速在建康以武陵王司马遵之名承制建立起行台。
司马遵对何无忌的表现赞赏有加，于是任命他为辅国将军以及琅邪内史等重要职务。同时，还将司马道子府上的精锐兵力调拨给他，命令他与刘道规一同在刘毅的统领之下继续追击桓玄。
桓玄一路向西逃窜到江陵之后，留下了何澹之等将领镇守湓口这个战略要地。然而，何无忌和刘道规并没有被敌人的防守所吓倒。就在四月庚戌日这天，他们果断出击，在桑落洲一带与何澹之的军队展开了一场激烈的战斗。
尽管何无忌事先已经得知何澹之本人并不在前来进攻的船舰之上，但他依然毫不畏惧，沉着冷静地指挥着己方军队奋勇杀敌。双方在江面上你来我往，喊杀声震耳欲聋。一时间，箭如雨下，刀光剑影交错闪烁。然而，尽管局势紧张，但众人仍然力劝刘道规全力以赴地发动攻击。他们深知，只有通过积极的攻势才能增强己方军队的士气，同时打压敌军的威风。就在此时，战场上风云突变！何无忌等人奋勇作战，成功地夺取了前来进犯的敌船舰。随后，他们更是高声宣扬，声称敌军将领何澹之已经被他们所俘虏。这一消息犹如一道惊雷，瞬间传遍整个战场，令敌军军心大乱、惊恐不安。
趁着敌军陷入混乱之际，何无忌果断抓住时机，与刘道规一起率领大军乘胜追击。他们如猛虎下山一般，势不可挡，最终以雷霆万钧之势大败何澹之的部队。这场胜利不仅让他们士气大振，更使得敌军闻风丧胆。紧接着，他们一鼓作气，接连攻克了湓口和寻阳两座重要城池。
在寻阳城中，他们还找到了晋室宗庙的神主，以及武康公主和琅邪王妃褚灵媛。这些人都是晋朝皇室的重要成员，对于稳定局势具有极其重要的意义。于是，何无忌等人小心翼翼地护送着她们返回建康，希望能以此进一步巩固朝廷的地位。
时间来到五月癸酉日，这一天注定成为历史长河中的一个关键时刻。何无忌与刘毅、刘道规等人在峥嵘洲遭遇了桓玄亲自率领的精锐军队。双方展开了一场惊心动魄的生死较量。一时间，杀声震天，硝烟弥漫。但经过一番激烈鏖战，桓玄的军队终究难以抵挡何无忌等人的勇猛攻