但此时的萧遥光早已风声鹤唳，草木皆兵，他深知此番进宫领旨极有可能是有去无回，于是心生恐惧，不敢贸然入宫。于是就在当天率先发动了起兵叛乱这一惊天动地的举动，消息传到宫中，萧宝卷急忙召见徐孝嗣以及其他一众官员入宫守卫皇宫和各个城门，并另外派遣萧坦之前去征讨萧遥光。经过一番激烈的战斗之后，萧遥光的叛乱很快便被成功地平定下来。而在此之后没多久，徐孝嗣因功得到晋升，荣升为司空一职。
然而，尽管位高权重，但徐孝嗣内心深处却始终无法安定下来。原来，在叛乱发生期间，他曾经试图寻找机会与沈文季共同商讨应对之策，可是令人遗憾的是，沈文季似乎一直在刻意回避这个话题，使得两人之间的交流难以深入开展。不仅如此，当他获得司空这一高位之后，更是多次推辞谦让，表示自己无意担任此职，甚至还请求辞去丹杨尹这一职务，只可惜这些请求都未能得到应允。
更为糟糕的是，当时统领军队隶属于徐孝嗣麾下的虎贲中郎将许准，曾经积极地游说着徐孝嗣，认为眼下正是起兵废掉昏庸无道的萧宝卷、另立新君的绝佳时机。面对这样极具诱惑力的提议，徐孝嗣却表现得犹豫不决，迟迟未能下定决心采取实际行动。与之形成鲜明对比的是，萧宝卷之所以一直没有对徐孝嗣动手，仅仅只是因为觉得他身为一介文官，而且其政治立场并不明确。但是，萧宝卷身边那些得势的宦官和宠臣们可不会轻易放过徐孝嗣，他们不断地在皇帝耳边进谗言，极力劝说萧宝卷除掉徐孝嗣以绝后患。同年十月乙未日（公元 499 年 12 月 11 日），深秋的寒风裹挟着丝丝凉意，吹过华林省那巍峨的宫殿。这一天注定成为历史长河中的一个重要节点。
萧宝卷端坐于华林省内殿之中，面色阴沉，眼中闪烁着冷酷与决绝之光。他目光凌厉地盯着下方跪着的徐孝嗣，嘴角微微上扬，透露出一抹令人不寒而栗的笑容。
随着一声令下，茹法珍手捧着一壶毒酒，缓缓走到徐孝嗣面前。然而，面对这即将到来的死亡威胁，徐孝嗣的神情却丝毫未变，仿佛早已将生死置之度外。
他只是平静地转过头，看向身旁同样面临厄运的沈昭略，轻声说道：“当初始安王起兵起事之时，我本有意打开城门响应于他。倘若那时你的叔叔能够应允此事，或许便不会有今日这般令人扼腕叹息的结局了。”
听闻此言，沈昭略先是一愣，随即便怒不可遏地指着徐孝嗣大骂道：“废除昏庸无道之君，拥立贤明有德之主，此乃古往今来顺应天道、造福苍生之举！然汝身为堂堂宰相，却毫无作为，致使国家陷入如此混乱不堪之境地，落得如今这般凄惨下场，皆是咎由自取！”
话音未落，沈昭略更是抄起身边的一只瓯碗，狠狠地朝徐孝嗣砸去。那瓯碗在空中划过一道弧线，精准无误地击中了徐孝嗣的脸颊，顿时鲜血四溅。
“就让你这无能之辈做个破面恶鬼去吧！”沈昭略咬牙切齿地吼道。
徐孝嗣默默地承受着这一切，脸上依旧波澜不惊。他接过茹法珍递过来的毒酒，仰头一饮而尽。那一壶毒酒足有一斗有余，但他却如同品尝美酒一般，毫不迟疑地将其一饮而尽。
片刻之后，毒性发作，徐孝嗣的身体开始剧烈颤抖起来。但他依然强忍着剧痛，挺直身躯，直至生命的最后一刻。最终，这位年仅四十七岁的忠臣良相，带着无尽的遗憾和不甘离开了人世。徐孝嗣去世后，朝廷公然宣布他是被诛杀的。这一消息传出，众人皆噤若寒蝉，无人胆敢前往为其送丧。然而，就在这样一片沉寂之中，却有一个名叫魏温仁的会稽人挺身而出。
魏温仁不惧朝廷的压力和可能带来的风险，毅然决然地来到了徐孝嗣的灵前。不仅如此，他还慷慨解囊，出资帮助徐家筹办丧事。在那个充满恐惧与冷漠的时刻，魏温仁的义举无疑成为了黑暗中的一丝温暖曙光。
时间转眼来到了中兴元年（公元 501 年），局势发生了巨大的变化。曾经不可一世的萧宝卷最终迎来了自己的末日，他惨遭杀害，连帝位也被追废。而此时，掌握大权的萧衍则改立萧宝融为新帝。与此同时，或许是出于对徐孝嗣生前功绩的认可，又或是出于其他政治考量，萧衍决定追赠徐孝嗣以太尉之衔。
到了中兴二年（公元 502 年），徐孝嗣更是得到了进一步的殊荣——改葬。并且，根据宣德太后的诏令，还特意向他追加了班剑队四十人，同时增添了羽葆和鼓吹等特殊待遇。此外，徐孝嗣被赐予谥号“文忠”，其爵位也由原来的更改封为余干县公。至此，这位曾经备受冷落的人物终于在身后获得了应有的尊重与荣耀。
徐孝嗣出身名门，仕途通达，官至太尉封枝江公，有政治建言，可惜身处动荡，立场摇摆，卷入纷争而赐死，令人叹息。