而现实世界中，工藤优作开始了他的推理秀，他要找出杀害樫村忠彬的凶手。
推理还在继续，工藤优作已经将物证都收集好了，“那上面的指纹可是你的，辛德勒董事长。”目暮十三和毛利小五郎难以置信，功成名就之人竟然会去杀害樫村忠彬。
托马斯·辛德勒没有任何辩驳，但只承认雕像，工藤优作将监视器的录像播放出来，目暮十三明白，如果现在会客厅的短剑是真的，那就应该有诸星秀树的指纹才对，“原来如此。”
这个时候千叶警官将化验结果出现，将化验结果告诉众人，托马斯·辛德勒彻底坐不住了，留下冷汗挣扎，“我要将这件事情告诉日本政府抗议！况且我没有任何动机去杀害樫村！”
这个时候的游戏内，泽田弘树、江户川柯南、诸伏景光三个人找了一圈都没有找到毛利兰和开膛手杰克的踪迹，“前面是机关室！”江户川柯南爬上去，发现火车无法停下的事实。
“兰！这个时候你到底在哪！”江户川柯南似是想到了什么，爬上车厢，泽田弘树在身后托举着他，诸伏景光在江户川柯南上去后，将枪口对准泽田弘树，“你到底想做什么！”
泽田弘树丝毫不慌张，“你杀了我也于事无补哦，胜利的条件可不是这个！”诸伏景光望了泽田弘树身后的车厢之上，江户川柯南还在上面，诸伏景光没有收起枪，走到连接处。
这个厚度根本不行，“我们先上去，开膛手杰克和小兰一定在上面！”而先上去的江户川柯南在远处的车厢上看见了二人，“兰姐姐！”诸伏景光和泽田弘树紧随其后。
“我和这位小姐用绳子绑在一起，你要如何出招！”开膛手杰克拿出短刃做出攻击姿势，诸伏景光看着不断移动的火车，手放到腰部的枪上，机会只有一次，开完他会因冲击出局。
江户川柯南和开膛手杰克僵持着，“你到底想要什么？”开膛手杰克笑得猖獗，“我想要活下去，让我留在体内的凶恶之血乘着诺亚方舟流传到下个世代，哈哈哈！”
这个话一出来，诸伏景光就感觉不对劲了，“这就是‘诺亚方舟’想要让我们知道的吗？”开膛手杰克对江户川柯南发起了攻击，诸伏景光将思绪抛开，拿出手枪不断等待着时机。
开膛手杰克嘲讽着他们即将殒命的事情，“柯南，御津弘，小心！”三个人趴下，等出隧道之际，开膛手杰克已经将江户川柯南踩在脚下，“柯南！”开膛手杰克很是得意。
就在此刻，诸伏景光迅速调整姿势，对准开膛手杰克的脑袋开枪，强大的后坐力让诸伏景光摔下了火车，“御津弘！”诸伏景光在掉下去的那一刻都在笑，“交给你了，侦探！”
但小孩子是不好把握枪的，开膛手杰克的确向后栽去，他忍着耳朵上的剧痛，重新踩在江户川柯南身上，“那个可恶的小鬼！这样死太便宜他了，而你这个小鬼，到此为止了！”
泽田弘树焦急去救江户川柯南，却被一脚差点踹淘汰，“诸星，你没事吧！”泽田弘树维持着表面的镇定说着没事，开膛手杰克即将将江户川柯南解剖，毛利兰焦急担心的想做什么，“这个时候的新一会怎么做呢！”毛利兰想到了工藤新一在云霄飞车前说的话。
“如果可以确实地让你毁灭，为了公众的利益，我很乐意迎接死亡。”毛利兰大声喊着柯南，“莱辛巴克瀑布，柯南！”毛利兰站了起来，开膛手杰克想到了什么，震惊地回头。
江户川柯南看着毛利兰悲悯温柔的眼神仿佛在说，“对不起，我不能陪你到最后。”坚决转身，江户川柯南惊慌大喊，“别这样，兰！”毛利兰一跃而下，开膛手杰克来不及割绳。
被这样带入了深渊，“兰！”江户川柯南崩溃大喊，他现在什么都不想做了，就这样陪着兰赴死，泽田弘树跑过来，“戴眼镜的，得把列车停下才行！”泽田弘树疯狂说着。
江户川柯南这时才清醒过来，“你想想列车的速度！”江户川柯南的计划里，是他和兰一起将列车分开，但是现在已经不行了，江户川柯南瘫坐在列车上，“不行了，已没办法了。”
“‘诺亚方舟’你赢了。”外面的已经焦急的不像话了，这个时候拉着风琴的流浪汉又出现在了江户川柯南面前，“你们还没有浑身浴血，你们还活着不是吗？”江户川柯南瞪大了眼睛，“你们明